Anna Ciepielewska ubiegała się o tytułową rolę, jednakże na zdjęciach próbnych doszła do wniosku, że bardziej odpowiada jej postać siostry Małgorzaty.
Zdjęcia do filmu powstały w Józefowie pod Łodzią (Polska).
W 1962 r. film zajął pierwsze miejsce w ankiecie OBOP na film, który podobał się widzom najmniej.
Film został oprotestowany przez Watykan na festiwalu w Cannes w 1961 r. na tyle skutecznie, iż przełożono projekcję filmu z drugiego tygodnia na drugi dzień festiwalu istniało, bowiem prawdopodobieństwo, że film może zostać wycofany z konkursu.
''Matka Joanna od Aniołów" znalazła się na liście 10 najlepszych polskich filmów w historii kina w wyborze Jerzego Stuhra na VIII Festiwal Klasyki Filmowej.